A localidade servia nos primórdios de passagem para tropeiros na “Rota das Bandeiras” rumo a Minas Gerais, o local era conhecido pelos nativos como AJURITIBA que em Tupi-Guarani significa: Ajuri (tipo de pássaro) e Tiba (abundância). No final do século XVII, os colonizadores, aqui desembarcaram com suas famílias e comitivas e administraram um quinhão de terra.
A família de Matias Lopes de Lima, natural da Ilha Terceira, Açores-Portugal, se tornou donatária das terras, cabendo como herança à Dona Bárbara Cardoso, viúva de Domingos Lopez de Lima, sendo ela católica fervorosa e uma grande devota do Senhor Bom Jesus, decidiu construir uma Capela em homenagem à sua devoção, inaugurada em 22 de maio de 1705. Posteriormente, a Capela foi denominada de Bom Jesus dos Perdões e atualmente é Santuário do Senhor Bom Jesus dos Perdões.
A Capela foi construída no outeiro da vasta fazenda de 396 alqueires de propriedade de Dona Bárbara, ao lado esquerdo do rio Atibainha, ao lado das várzeas do Guaxinduva, que em Tupi-Guarani significa: Berço das águas, sendo ela um destaque em uma suave colina, entre as freguesias de Nossa Senhora de Nazaré e São João de Atibaia, à distância de légua e meia. Construída de taipa, por escravos e demais pessoas, que trabalharam com abnegação e persistência para sua construção, por cerca de 170 anos. Ao longo dos anos foi sofrendo modificações/ampliações, foi totalmente revestida de tijolos, ganhou as torres, sinos e relógio, tornando-se o Santuário de hoje.
Em 22 de maio de 1705 (Vigília do dia de pentecostes) o abade do Mosteiro de São Bento da província de São Paulo do Piratininga, frei Francisco da Conceição, com a assistência do Frei Mathias do Espírito Santo, filho da fundadora, inauguraram e abençoaram a capela que logo se tornou uma referência local e muito visitada pelos fieis devotos até os dias de hoje.
Após cerca de 150 anos de administração da geração dos familiares da fundadora, foi instituída em ata no dia 06/08/1869 a Irmandade do Senhor Bom Jesus dos Perdões, que passou a administrar o patrimônio deixado para o “Bom Jesus dos Perdões”. Tendo continuado o legado a localidade foi elevada à categoria de freguesia, pelo decreto nº 85 de 23 de abril de 1873, tornando-se paróquia/freguesia.
No interior da capela as obras de entalhe, a pintura (que infelizmente foi descaracterizada no decorrer dos tempos) e a ornamentação dos altares começaram em 1869, terminando em 1904.
Emancipou-se de Nazaré Paulista em 18 de fevereiro de 1959, depois de árduo movimento que contou com a participação da maioria dos munícipes, sob a liderança da família Camargo da qual se destaca Luiz Franco de Camargo, (Luiz Ponciano) que se tornou seu primeiro prefeito e seu irmão Aristeu Camargo, presidente da Câmara.
A cidade é um santuário ecológico, possui cachoeiras, matas nativas ideais para caminhadas, com destaque para a “Pedra do Coração”, e o “Mirante dos Camargos”. Possui ainda a “Pedra Grande”, que encontra-se na divisa com a cidade de Atibaia, local conhecido pelos praticantes de voo livre. Bom Jesus dos Perdões é também conhecida por suas nascentes de água, de excelente qualidade. Servido por estradas modernas Bom Jesus dos Perdões está a uma hora do centro da Capital.